1. Mengelola dan mengembangkan Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) sivitas UNY secara sistematis, terencana, dan berkelanjutan untuk menjamin mutu penyelenggaraan pendidikan akademik di bidang ilmu keolahragaan dan kesehatan.
2. Mengelola sistem penjaminan mutu bidang penelitian untuk menjamin kualitas perencanaan, pelaksanaan, dan luaran penelitian di bidang ilmu keolahragaan dan Kesehatan.
3. Mengelola sistem penjaminan mutu bidang pengabdian dan pemberdayaan masyarakat guna menjamin mutu pelaksanaan pengabdian yang relevan, berkelanjutan, dan berdampak nyata dalam peningkatan kesejahteraan masyarakat di bidang ilmu keolahragaan dan kesehatan.
4. Menjamin mutu tata kelola, layanan, dan kinerja fakultas serta unit kerja di lingkungan FIKK UNY agar terlaksana secara baik, bersih, transparan, dan akuntabel dalam mendukung otonomi perguruan tinggi.
5. Mendorong penguatan budaya mutu (quality culture) di seluruh sivitas akademika FIKK UNY melalui monitoring, evaluasi, audit mutu internal, serta tindak lanjut peningkatan mutu yang berkelanjutan berdasarkan nilai simpatik, profesional, optimis, rasional, takwa, inovatif, dan futuristik.

Sistem penjaminan mutu di Fakultas Ilmu Keolahragaan dan Kesehatan (FIKK) Universitas Negeri Yogyakarta dilaksanakan sebagai bagian integral dari Sistem Penjaminan Mutu Internal (SPMI) UNY. Pelaksanaan SPMI di FIKK UNY mengacu pada peraturan Rektor UNY tentang Sistem Penjaminan Mutu Internal yang berlaku, yang mencakup Kebijakan SPMI, Manual SPMI (Penetapan, Pelaksanaan, Evaluasi, Pengendalian, dan Peningkatan Standar), serta Standar SPMI UNY. Dokumen-dokumen tersebut dilengkapi dengan berbagai pedoman dan Standar Operasional Prosedur (SOP) yang menjadi acuan dalam menjamin mutu penyelenggaraan pendidikan, penelitian, pengabdian kepada masyarakat, serta tata kelola fakultas secara berkelanjutan.

Secara organisasi, pelaksanaan penjaminan mutu di tingkat universitas dikoordinasikan oleh Direktorat Penjaminan Mutu UNY. Di tingkat fakultas, pelaksanaan penjaminan mutu dilaksanakan oleh Unit Penjaminan Mutu (UPM) FIKK UNY, sedangkan di tingkat departemen dan program studi dilaksanakan oleh Gugus Penjaminan Mutu (GPM). Struktur ini dirancang untuk menjamin keterpaduan, kesinambungan, dan efektivitas pelaksanaan SPMI dari tingkat universitas hingga program studi.

Pelaksanaan penjaminan mutu di FIKK UNY mengacu pada siklus Penetapan, Pelaksanaan, Evaluasi, Pengendalian, dan Peningkatan (PPEPP) standar yang dilaksanakan secara konsisten dan berkelanjutan. Implementasi SPMI di FIKK UNY tidak hanya berorientasi pada pemenuhan standar nasional dan internal, tetapi juga memperhatikan kekhasan bidang keolahragaan dan kesehatan serta penguatan budaya mutu yang berlandaskan nilai simpatik, profesional, optimis, rasional, takwa, inovatif, dan futuristik guna mendukung pencapaian visi dan misi FIKK UNY.